非常にざっくりですが、
po4a-updatepo -m ./en/29.txt -m ./en/30.txt -m ./en/31.txt ... -p ./po/ja.po
とするのであれば、以下のような makefile を用意するのはいかがでしょうか。
SRC_DIR = ./en
SRC_FILES = $(shell find $(SRC_DIR) -name '*.txt' -print0 | xargs -r -n1 -0 echo -m)
all:
ifneq ($(SRC_TXT),)
po4a-updatepo $(SRC_FILES) -p ./po/ja.po
endif