はじめまして、ci5kymと申します。
私の環境はARMベースのdebianで有線LANでConnmanとopenvpnを使っております。 お使いのものと違うので参考にならないかもしれませんが・・・・
$ uname --all 4.4.12-ti-r30 #1 SMP Wed Jun 8 20:29:06 UTC 2016 armv7l GNU/Linux
$ ls -la /dev/net/tun crw-rw-rw- 1 root root 10, 200 11月 5 03:51 /dev/net/tun
/etc/modules alias tap0 tun alias tun0 tun
/etc/modules は 空のままで使っています。
/etc/modprobe.d/ 以下のファイルにはtunに関係する設定はありませんでした。
# ifconfig tun0 tun0: インターフェース情報を取得中にエラーが発生しました: デバイスが見 つかりません
$ lsmod | grep tun tun 17317 2
となっています。