当方 Debian 13/Plasma 6.3.6 です。 原因として考えられるのは
・レイアウトのリストで一番上にあるレイアウトが優先される仕様になっている ・"System Settings" 以外の何か(fcitxとか)がレイアウトを変更している
とかでしょうか? ただどのレイアウトにするかは "System Settings" でキーボードショートカットを設定できるようですので、 us・jpそれぞれにショートカットを設定しておけば、実運用上もそこまで手間ではないのではと思います。
あと身もフタもありませんが、どちらかのレイアウトしか使わないのであれば、 そちらのレイアウトだけにしておけば切り替わることも無いと思います