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小畠と申します。
apt-mark コマンドでパッケージの自動/手動インストールのフラグを設定できます。例えば以下のコマンドで rsync が手動インストールされたことになります。
# apt-mark manual rsync
また、showmanual や showauto でインストール済みパッケージの現在のフラグを確認できますし、hold の状態も設定できます。
詳細は man を読んでみてください。
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