sarge以来ずっとDebianなので
違うディストロだとどうかと言われると確かなことは言えませんが
DebianのGNOMEでいえば市販のUSBメモリは挿して認識したら読み書きできて
正しくアンマウントすれば他の機械でも問題なく利用できます。
市販のメモリはかつてはvFAT、その後NTFSです。
私はUSB-HDDを常用していてデータを持ち歩いて仕事をしていました。
NTFSになったとき所有権は??と心配しましたが全く問題なし。
パーミッションはすべてが777で所有者は私。
グループはプライベートグループ(つまり私)になります。
パーミッションはせめて770となったほうがいい気もしますが
私しか使わない環境なので余り気にしていません
せっかくLinuxにしたのだからとUSBメモリをext3でフォーマットして
保存したことがあるのですが、移動先ではuidが異なるので読めず、すぐに
諦めました。