DDTSS レビュー kalign

[Takuma Yamada <tyamada@xxxxxxxxxxxxxxxx>]

やまだです。

aked0n さんが訳した kalign をレビューしました。
今回は、専門用語は確認しません。


Short description

原文: Global and progressive multiple sequence alignment
訳文: グローバルおよびプログレッシブマルチプルシークエンスアライメント

Long description

原文:
Kalign is a command line tool to perform multiple alignment of
biological sequences. It employs the Wu-Manber string-matching
algorithm, to improve both the accuracy and speed of the alignment.
It uses global, progressive alignment approach, enriched by employing
an approximate string-matching algorithm to calculate sequence
distances and by incorporating local matches into the otherwise global
alignment. In comparisons made by its authors, Kalign was about 10
times faster than ClustalW and, depending on the alignment size, up to
50 times faster than popular iterative methods. It has been published
in Lassmann and Sonnhammer, BMC Bioinformatics 2005, 6:298.
.
 Homepage: http://msa.cgb.ki.se

訳文:
kalign は、生物学におけるマルチプルアライメント実行用コマンドラインツールです。

  1 行 79 文字あるので、なるべく 77 文字以内で改行してください。
　「sequences」が抜けているので、おそらく追加が必要です。

アライメントの正確さと速度の両方を改善するため、Wu-Manber の string-matching
アルゴリズムを採用しています。グローバル、プログレッシブアライメントの手法
を利用しており、

  この行が短くなっています。

配列間距離の計算に近似 string-matching アルゴリズムを利用し、ローカルマッチを

  ここでは 「sequence」の訳が「配列」になっています。
  他の箇所と違いますが妥当でしょうか?

別のグローバルアライメントに組み合わせることにより高性能になっています。
著者により作成されたものと比べて、Kalign は、ClustalW よりも約 10 倍高速で、

  「著者により作成されたものと比べて」は
  「その著者によって実施された比較において」という
  意味ではないでしょうか?

アライメントのサイズによりますが、有名な反復法に比べて 50 倍高速です。

  「50 倍高速です」は「最高 50 倍高速です」ではないでしょうか?

 Lassmann and Sonnhammer, BMC Bioinformatics 2005, 6:298 として公開
されています。
.
 Homepage: http://msa.cgb.ki.se/


今回はコメント追加のみ処理しておきます。

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Takuma Yamada <tyamada@xxxxxxxxxxxxxxxx>
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