大沢です。
>  Xでマウスを少し動かすと左上に走って入力の処理がおかしいようなのです。
> ATXのマザーボードのPS2ポートに接続しており、modulesにはpsauxは記入
> しています。
  XFree86でしょうか?
  PS/2マウスを使うなら、/etc/X11/XF86Configで
  Section "Pointer"
    Protocol    "PS/2"
    Device      "/dev/psaux"
  というように指定します。
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大沢進 <susumu-o@xxxxxxxxxxxxxxx>