ありがとうございました。 おかげさまでパーミッションの変更ができるようになりました。
・ほかのFTPサーバを使う(wu-ftpdはもう開発止まっていますし)
ほかのFTPDを試しましたが、うまく動作してくれないので、
・-DPARANOIDフラグを削除したwu-ftpdを作成する
こちらを行いました。