情報ありがとうございます。
全角・半角の幅問題だと思います。 http://lists.debian.or.jp/debian-users/200609/msg00041.html から始まるスレッドは参考にならないでしょうか?
なんとなく、なのですが、skkを使い漢字変換をすると出てくる「▽」が 半角英数字と同じ幅であることに起因しているような気がしてきました。 現象が発生した様子を携帯電話のカメラで撮影してみたのですが、気持ち悪いです。 http://www.remweb.info/images/P1000099.jpg 代替手段のuim-fepがあるので、あんまり困ってはいないのですが、 不思議な感じがします。