東村です。 とりあえず気が付くところは、file-rc パッケージが update-rc.d を含む sysv-rc パッケージを Replaces していますね。 他にも競合があるかも知れませんので、これが原因か どうかは分かりませんが、仮に file-rc パッケージを 後からインストールしたとすれば、sysv-rc パッケージは remove されますから、update-rc.d も消去されます。 dpkg -l sysv-rc の結果を見てパッケージが残っているかどうか 調べてみられたらどうでしょう。