DDTSS レビュー dialign

[Takuma Yamada <tyamada@xxxxxxxxxxxxxxxx>]

やまだです。

aked0n さんが訳している dialign をレビューしました。
なお、こちらも専門用語については確認しません。


Short description

原文: Segment-based multiple sequence alignment
訳文: セグメントベースのマルチプルシークエンスアライメント (多重配列整列)

特に問題ないと思います。
なお、このようにカタカナ表記と漢字表記を併用する必要があるかどうかは、
文脈毎に判断する必要があると思います。


Long description

原文:
DIALIGN2 is a command line tool to perform multiple alignment of
protein or DNA sequences. It constructs alignments from gapfree pairs
of similar segments of the sequences. This scoring scheme for
alignments is the basic difference between DIALIGN and other global or
local alignment methods. Note that DIALIGN does not employ any kind of
gap penalty. It has been published by Morgenstern B. in
Bioinformatics. 1999 Mar;15(3):211-8.
.
 Homepage: http://dialign.gobics.de/

訳文:
DIALIGN2 は、たんぱく質や DNA 配列のマルチプルアライメントを実行するための
コマンドラインツールです。配列の類似したセグメントのギャップフリーな対
からアライメントを構築します。このアライメント用スコアリング機構は、DIALIGN と
他のグローバルまたはローカルアライメント手法とを区別する基本的な相違点です。
DIALIGN は、あらゆるギャップペナルティを採用しないことに注意してください。
Morgenstern B. により Bioinformatics. 1999 Mar;15(3):211-8 にて公表されました。
.
 Homepage: http://dialign.gobics.de/

このままでも問題ないのですが、「or」で接続する部分は書き換えた方が
読みやすくなる場合があります。

「他のグローバルまたはローカルアライメント手法」
→「他のグローバルアライメントあるいはローカルアライメントの手法」

参考: http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/~sekitou/seminar/Bioinfo-4_p129-134.htm

Comment field:
ギャップペナルティについて次を参考にしました
http://www.weblio.jp/content/%E3%82%AE%E3%83%A3%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%9A%E3%83%8A%E3%83%AB%E3%83%86%E3%82%A3
スコアという用語がギャップペナルティと深く関係しているので 配点→スコアリング としました。
グローバルアライメントという専門用語があるので、汎用、局地的 → グローバル、ローカル としました。

このコメントは参考になります。


「Accept as is」をしておきました。

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Takuma Yamada <tyamada@xxxxxxxxxxxxxxxx>
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