Re: DDTSS レビュー probcons

[Junichi Uekawa <dancer@xxxxxxxxxxxxx>]

At Sun, 17 May 2009 12:56:08 +0900,
Takuma Yamada wrote:
> 
> やまだです。
> 
> aked0n さんが訳した probcons をレビューしました。
> 専門用語については確認しません。
> 
> Short description
> 
> 原文: PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
> 訳文: 蓋然性整合性に基づくマルチプルシークエンスアライメント (多重配列整列)
> 
> 「-based」の訳は「〜に基づく」の用例のほかに「〜ベースの」が使われる
> ことがよくあるので、文脈に応じて選んでいただければよいと思います。

英文では大文字でPROBCONS が何の略か、という情報を示している野ですが、日
本語訳になると欠落してしまうのがちょっと残念ですね。

> 
> Long description
> 
> 原文:
> Tool for generating multiple alignments of protein sequences. Using a
> combination of probabilistic modeling and consistency-based alignment
> techniques, PROBCONS has achieved the highest accuracies of all alignment
> methods to date. On the BAliBASE benchmark alignment database, alignments
> produced by PROBCONS show statistically significant improvement over current
> programs, containing an average of 7% more correctly aligned columns than
> those of T-Coffee, 11% more correctly aligned columns than those of CLUSTAL W,
> and 14% more correctly aligned columns than those of DIALIGN. Probcons is
> published in  Do, C.B., Mahabhashyam, M.S.P., Brudno, M., and Batzoglou, S.
> 2005.  Genome Research 15: 330-340.
> .
>  Homepage: http://probcons.stanford.edu/
> 
> 訳文:
> 蛋白質配列のマルチプルアライメント生成ツールです。蓋然性モデリングと
> コンシステンシーに基づくアライメント技術の組み合わせを用いて、PROBCONS は全
> ての最新の
> アライメント技術のうちで最高の精度を達成しています。
> BAliBASE ベンチマークアライメントデータベースでは、PROBCONS により生成された
> アライメントは最新のプログラムに対して統計的に顕著な改善が見られます。
> とりわけ、T-Coffee に比べて平均 7%、CLUSTAL W に対して 11%、DIALIGN に比べて
> 14% の比率でより正確に配置された列を生成します。
> Probcons は、 Do, C.B., Mahabhashyam, M.S.P., Brudno, M., and Batzoglou, S.
> 2005.  Genome Research 15: 330-340 で公開されています。
> .
>  Homepage: http://probcons.stanford.edu/
> 
> 文章は問題ないように見えます。
> 改行が不揃いとなっているので直した方がいいのかもしれませんが、
> DDTSS が最終出力段階で整形するかどうか (どのように整形するか) が
> わからないので、今回は様子を見てみます。


apt フロントエンドが整形することになっているので、まぁ、よいかと思います。