上川です．
参考までに，ですが
> 「ユーザ毎に異なるプラグインを使いたいかも知れない。~/eclipse/plugins
> ディレクトリにプラグインをインストールしても動作するので、各ユーザ毎の
> eclipseのワーキングディレクトリにプラグインをインストールするようどう
> か」、と言われました。
プラグインは，LADSPAの場合を例にとると
/usr/lib/ladspa
/usr/local/lib/ladspa
を探索するようにしています．
これに ${HOME}/ladspa とかも追加すればもっとよいのかもしれませんが，
LADSPAの場合は，LADSPA_PATHという環境変数を見るようになっています．