ちゃんちゃんこです。
この問題ですが、
Xを4.2.0-0pre1v3 にupgradeして、
JAVA_FONTSの/var/lib/defoma/x-ttcidfot-conf.d/dirs/TrueType/
                                     ^
というTYPOを直したら、漢字は出るようになりました。
IBMのJavaでもkochi-gothicで漢字が出るようになりましたし、
pre1v2まではTYPOが正しくても漢字が出なかったので、X側で何かあったので
しょう。
お騒がせしました
ちゃんちゃんこ
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